玩家可以通过多种方式更换队伍中的口袋妖怪，这一机制是游戏核心玩法的重要组成部分。更换口袋妖怪的主要途径包括捕捉野生宝可梦、与其他训练师交换以及通过剧情获得特定宝可梦。游戏初期，玩家只能携带少量宝可梦，但剧情推进和道具获取，队伍管理会变得更加灵活。
捕捉野生宝可梦是最基础的更换方式。玩家在草丛、洞穴或水域中遭遇野生宝可梦时，可以使用精灵球进行捕捉。成功捕捉后，新宝可梦会自动加入队伍或存入电脑的宝可梦盒子中。电脑系统由宝可梦中心的PC终端管理，玩家可以随时存取宝可梦，调整队伍配置。需队伍中最多只能携带六只宝可梦，超出部分必须存入电脑。
游戏中存在部分NPC训练师，他们会提出用特定宝可梦与玩家交换。在彩虹市的大楼顶层，玩家可以用尼多兰交换尼多朗。如果使用通信电缆或模拟器的联机功能，玩家还可以与其他玩家交换宝可梦，这种方式能获得一些版本独占的宝可梦或进化形态。
剧情获得的宝可梦通常具有独特性或高价值。在正辉的剧情中，玩家可以获得伊布；在枯叶市的游轮上，船长会赠送秘传机技能学习器。这些宝可梦往往能填补队伍中的属性空缺或提供特殊技能支持。玩家需要根据当前队伍需求和战斗策略，决定是否将它们纳入主力队伍。
宝可梦的更换不仅限于种类，还包括技能配置。游戏中的技能机器（TM）和隐藏机器（HM）可以让宝可梦学习新技能，覆盖原有技能。部分NPC还能教授特定技能，如百万吨拳击或飞天。合理的技能搭配能显著提升队伍战斗力，因此玩家需要定期评估宝可梦的技能组合，必要时进行调整。
队伍管理是游戏策略的重要部分，灵活运用更换功能能够应对不同道馆挑战和剧情战斗。建议玩家在冒险过程中随时关注宝可梦的属性和技能，及时调整队伍配置以保持竞争力。
