鸣神岛的雷阵解谜是稻妻区域的核心挑战之一，主要涉及雷立方机关、雷屏障和雷剑阵三种类型。雷立方通常以1-5个为一组，需按特定顺序击打使其图案统一，部分点位需先清除岩堆或击败守卫才能触发。菅名山腰的雷立方需按A2B21B顺序激活，而绀田村溪边则需击打两次1号方块和两次3号方块。联动型雷立方需观察初始花瓣数量，如1号点位水边洞内的机关需按1，2，33顺序操作。
在屏障附近寻找雷樱枝条，交互后获得雷种子 buff，持续时间内可自由穿过雷结界。部分高阶雷屏障需提升雷种子等级，通过完成神樱大祓任务或寻找雷之印升级神樱眷顾。荒海区域的隧道雷屏障需先解开水位机关，退潮后才能接近雷樱枝条获取雷种子。
雷剑阵集中在无想刃狭间，需先取得雷种子再触摸剑柄。六雷剑阵的标准解法为：1号位触摸1次，2号位2次，3号位1次，4号位3次，5号位2次，6号位1次。激活后会出现敌人，全部击败可开启华丽宝箱。若顺序错误，剑阵会重置并需重新开始。部分剑阵存在隐藏机制，需观察地面雷纹提示。
队伍配置建议携带岩系角色破除障碍，如诺艾尔可快速清理掩埋雷立方的岩堆。雷元素角色如刻晴、菲谢尔能触发共鸣加速解谜，但需注意雷神免疫雷伤。治疗角色必备，推荐芭芭拉或心海应对雷阵持续伤害。弓箭手如甘雨可安全激活高处机关，而万叶的聚怪能力能高效处理解谜后出现的敌人。
部分雷立方被雷樱枝条的电场连接，需先调整枝条方向；雷暴天气会影响机关判定，建议在天气晴朗时解谜。荒海区域的雷立方矩阵需将五个机关调整为统一朝向，优先调整对角线上相同方向的石块。若多次失败，可退出游戏重进重置机关状态。
